Kegiatan belajar mengajar di SMAK Stella Maris tidak hanya terbatas di dalam kelas saja. Laboratorium yang ada menjadi salah satu sarana pembelajaran di mana para siswa tidak hanya menerima materi berupa teori saja, tetapi juga menerima materi secara langsung melalui kegiatan praktikum.
Adapun laboratorium yang ada di SMAK Stella Maris meliputi :
- Laboratorium Biologi
- Laboratorium Fisika
- Laboratorium Kimia
- Laboratorium Bahasa
- Laboratorium Komputer
