SMAK Stella Maris bekerja sama dengan beberapa lembaga perguruan tinggi, seperti :
- Universitas Katolik Widya Mandala Surabaya
- Universitas Ciputra Surabaya
- Universitas Dinamika Surabaya
- Universitas Kristen Petra Surabaya
- Universitas Widya Kartika Surabaya
- Universitas Katolik Darma Cendika Surabaya
- Universitas Surabaya
- Universitas Pelita Harapan Surabaya
- ISTTS Surabaya
- IKADO Surabaya
- Perguruan Tinggi Raffles Surabaya
- Universitas Bina Nusantara Malang
- Universitas Sanata Dharma Yogyakarta